睡莲目仅1科。由于茎维管束散生、无维管束形成层、根系由不定根组成、不含芳香油等特征而被置于古草本群中，是最原始的被子植物之一。
1 ．睡莲科(Nymphaeaceae ，Water Lily Family)
本科为水生植物，约8属70多种，广布世界各地。我国约5属10余种，产南北各地。Engler系统采用广义的睡莲科，含8属100多种。Hutchinson和Judd 系统将之分为莲和睡莲2个科，Cronquist系统分为莲(Nelumbonaceae)、睡莲、莼菜(Cabombaceae)3个科，而Takhtajan(1997)则分为3目4科（增加萍蓬草科,Nupharaceae），置于睡莲和莲两个亚纲中。
科的特征 水生草本。有根状茎。叶互生或对生，叶片心形、戟状或盾形，沉水叶（如存在）叉状细裂。花单生；花萼常4～12，有时花瓣状；花瓣缺或8～多数，常过渡成雄蕊；雄蕊3～多数；雌蕊心皮3～多数，分离或合生成多室子房，胚珠1～多数，层片状胎座。果实浆果状或坚果状，海绵质。染色体：X=12～29。
睡莲属（Nymphaea ） 叶柄、叶脉和果实无刺；子房半下位，花多色，昼开夜合，故称睡莲。共37种，我国有5种，多数种类是常见栽培的水生花卉，如红睡莲（N. rubra Roxb.）、白睡莲(N. alba L.)、黄睡莲（N. mexicana Zucc.）等。睡莲(N. tetragona Georgi)花较小，野生。
本科常见的还有：芡属（Euryale）仅1种，芡(E. ferox Salisb. ex Koenig et Sims)，叶柄、叶背脉上和花萼均多刺；子房下位；广布我国。种子供药用称“鸡头米”，或称芡实。萍蓬草属（Nuphar）的萍蓬草（N. pumilum (Timm.) DC.）叶二型：沉水叶膜质，皱褶；浮水叶纸质或近革质，平整。分布我国北部至东部，栽培供观赏。王莲(Victoria amazonica Sowerby.)叶浮水，大型，直径可达2米；花似荷花。原产南美，常在温室引种，为世界着名观赏植物。莼菜(Brasenia schreberi J.F.Gmel.)产江南，嫩叶食用为杭州名产；水盾草（Cabomba caroliniana Gray）为沉水草本，原产北美，为水族箱常用的观赏水草，近年已在我国逸生。