2011年6月24日，上海交通大学微生物代谢国家重点实验室揭牌。揭牌仪式在生命药学楼树华多功能厅隆重举行。上海交通大学党委书记马德秀、常务副校长林忠钦、副校长张文军、校长助理彭颖红等校领导和学校相关职能部处领导，以及生命学院领导与重点实验室全体PI出席了仪式。仪式由校长助理彭颖红主持。
微生物代谢国家重点实验室的立项建设体现了上海交通大学生命学院在微生物代谢领域的研究已经达到国内领先水平，在国际上具有重要影响。校党委书记马德秀说，在今后的发展过程中，重点实验室必将在科学研究、学科建设、人才培养、国际交流等各个方面发挥重要作用。她希望，重点实验室能在邓子新院士的带领下，通过全体研究人员的努力，完善微生物代谢研究科学体系，不断取得国际领先的原创性科研成果，积极参与国际竞争，进一步扩大国际影响力。同时，她也勉励大家要有忧患意识，要准备迎接更大的挑战，在实验室体制机制、队伍建设和管理方面认真研究，加快建立国际一流的微生物学科，并努力促进我校生命学科的整合和发展，推进生物化学与分子生物学、遗传学、生物工程、生物信息学等学科的发展与交叉，最终建立和上海交大地位相称的生命学科。
微生物代谢国家重点实验室的立项建设，是上海交通大学本部20年来在重点实验室建设方面的重大突破。
生命学院院长、微生物代谢国家重点实验室主任邓子新院士就重点实验室的研究方向与目标、建设思路与规划、现存不足与所需支持三个方面进行了介绍。邓子新表示，将以微生物代谢国家重点实验室的立项建设作为新起点，不断加强实验室的文化建设、队伍建设、平台建设、制度建设、科研管理和开放运行机制建设，努力建立我国微生物代谢研究的科学和技术体系，引领国际微生物学的理论创新和产业发展。