2010年12月1日，北京中医药大学研究生院成立。国务院学位办主任、教育部学位管理与研究生教育司司长、中国工程院院士张尧学，国家中医药管理局副局长李大宁，北京市教委副主任付志峰及21家相关合作单位领导等出席了成立庆典仪式。
研究生院的成立，标志着北京中医药大学高层次人才培养在30年多的研究生教育成果和经验积淀的基础上迈上了更高的层次，实现了新的历史性的跨越。
北京中医药大学是全国中医药高校中国家重点学科与国家中医药管理局重点学科数量最多、涵盖专业最广的学校，具有中医学、中药学、中西医结合3个一级学科的博士学位和硕士学位授予权，形成了学士、硕士、博士不同层次的学位授予体系。目前，已毕业研究生5998人，中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站共接收了91名博士进站工作，已有69人完成工作出站，多数人才已发展成为中医药行业的领军人物或学术骨干，为中医药事业的发展做出了重要贡献。随着学位与研究生教育事业的稳步推进，学校注重加强师资队伍的建设，研究生导师的数量和质量均位于全国中医药院校之首。多名研究生分别获得“全国百篇优秀博士学位论文奖”、“全国百篇优秀博士学位论文提名奖”、“北京市优秀博士学位论文奖”。学校先后获得了教育部授予的“全国学位与研究生教育管理工作先进集体”、人事部授予的“全国优秀博士后科研流动站”、北京市授予的“北京地区研究生培养工作优秀单位”等多项荣誉称号。这些成绩的取得，是广大教职员工和全体研究生同学共同努力的结果，更有赖于各级政府和各位领导的关怀和支持，有赖于社会各界的支持和帮助。