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孢子体不亲和性是同型不亲和性的一种类型，亦称为整体不亲和性。有关花粉亲和性的性质，是受产生花粉的孢子体基因型的影响，在柱头上由于花粉的发芽受到抑制而产生了不亲和性。这是由于孢子体中已经产生的物质通过细胞质而影响配子（花粉）的结果。例如把产生花粉的亲本的不亲和性基因的基因型记为S1S2，把特有雌蕊的基因型记为S1S3，不论花粉的基因型是S1还是S2，在S1S3基因型的柱头上花粉的发芽总是受到抑制。这样，花粉所表现的性质是由形成花粉的亲本基因型也就是孢子体的基因型来决定的；这种现象称为孢子体不亲和性。已知在菊科、十字花科等植物中有这种现象。