2013年3月5日，水上保洁人员在黄浦江上游发现大量漂浮死猪，至3月20日，上海、嘉兴两地累计打捞死猪超过1.5万头，上海的饮水安全受到严重威胁，死猪死因未有确定结果。
3月5日，水上保洁人员在横潦泾水域打捞到几十头死猪。起初，工作人员并未在意，每年黄浦江上游都会有死猪漂来，一年总会捞出三四千头。他们并未向上反映，直到8日开始，发现死猪来势汹汹，才引起警惕，开始向市区相关部门报告。
3月8日，上海松江网友“@少林寺的豬1986”发布一条图文微博，显示大量死猪伴随着垃圾漂浮在黄浦江上游水源地，引起网民关注。同日18时16分，@松江以“突发事件”为题发布相关内容。
3月9日19时41分，上海市农委官方微博@上海三农也发布了类似消息，并称，“目前已打捞死猪900多头”。然而，影响力极大的@上海发布迟迟不发声。
10日以后，上海市政府开始出面逐日向媒体发布相关事件的通报。上海市政府新闻发言人徐威表示：“上海方面从未试图隐瞒死猪漂浮事件，从一开始就秉持公开透明的原则。”
死因调查
在黄浦江死猪事件发生后的第9天，国家农业部官网醒目处刊发了一则国家首席兽医师于康震的“答记者问”。针对死猪病因，这位亲自参与浙江、上海两地调查的国家首席兽医师给出了解释，“综合分析，当地生猪死亡主要有两个原因：一是当地生猪饲养量大，散养比例高，正常生猪死亡淘汰数量相对较大。二是去冬今春，当地雨雪寒潮天气多，气温变化大，导致仔猪抵抗力下降，圆环病毒感染和腹泻等常见病引起死亡率较往年偏高。”[参考资料] . "农业部公布黄浦江死猪原因 专家建议进一步调查".
民众质疑：上万头死猪漂浮黄浦江，水质还能基本稳定？
上海市政府的逐日通报称，到目前为止，经严格检测，水质基本正常。这一发布，引发诸多质疑：“数千乃至上万头死猪漂浮黄浦江，居然还能水质基本稳定？可能吗？”
据了解，目前上海主要有几大水源地，即黄浦江上游、长江口青草沙和长江口陈行，另有崇明的东风西沙在建。此次集中出现死猪的水域，是黄浦江上游水源地，主要供应松江、金山、闵行、奉贤这4个郊区的用水，涉及4个区供水企业的6个取水口和9个水厂，供水规模合计为241万吨/天，约占全市规模的22%；而青草沙水源地则承担着上海七成供水任务，目前安全可靠。中心城区和其他郊区区县的饮用水，与此次事件所涉水源无关。
自3月10日以来，上海市水务部门每天对相关水厂进行严密检测并将结果向社会公布。针对原水（取水口水质）和出厂水（自来水水质）进行检测，原水在经过水厂处理后，供给市民家中。上海市水务局副局长沈依云也说，他自己敢直接饮用这几家水厂出的水。
上海市水务局称，按照国家标准，上海除了对水质的9项常规性指标即指浑浊度、色度、臭和味、肉眼可见物等进行检测外，目前还有针对性地将猪圆环病毒等微生物指标补充入水质监测指标，并对出厂水增加了猪链球菌、沙门氏菌、大肠杆菌O157、耐热大肠菌群等指标的检测。检测结果是，9项常规性指标符合国家标准，总大肠菌群、耐热大肠菌群为“未检出”。
一位不愿透露姓名的农业专家给记者打了个比方：“就好比你在游泳池发现几只死苍蝇，恶心归恶心，但对水质会有多大影响？更何况黄浦江很宽，又是流动的活水。”
上海水务部门一位负责人表示，死猪及水草、垃圾等漂浮物都在水面或搁浅在江边堤岸，并且许多细菌都有存活期，有些离开活体后会迅速死亡。而水厂取水口大都设在江中心靠近江底的地方，那里水流湍急，相对于表层，水质会更好些。
死猪事件回顾
3月4日，嘉兴媒体报道了当地大批生猪病死及扔弃河道等现象。而上海没有发现向黄浦江等河道扔弃死猪现象，没有发现重大动物疫情。
3月5日，水上保洁人员在横潦泾水域打捞到几十头死猪。
3月9日，上海市对黄浦江上游松江、金山水域彻查时共发现上千头漂浮死猪，上海出动打捞船对死猪进行打捞。
截至3月10日，已打捞上岸的死猪数超过1200头，对这些死猪及时地进行集中的无害化处置。根据死猪身上的耳标等养殖信息来追溯，这些死猪基本来源于上海的上游地区。
3月10日晚，上海市水务局供水处负责人表示，黄浦江松江段水域漂浮死猪的情况，目前未对当地的自来水供应造成影响。
3月11日，上海市农委发布信息称，黄浦江上游的死猪源头已基本确定为浙江嘉兴地区。浙江省畜牧局和嘉兴农业部门表示，已经排查排查，猪瘟现象可排除。死猪多为10多斤或20多斤的小猪，死因多系冻死。
3月11日，上海市农委宣布，对漂浮死猪进行的六种病原采样检测显示，从样品中检出猪圆环病毒病原阳性，样品均为阴性，并表示猪圆环病毒病是近年来较多发的猪传染性疫病，不属于人畜共患病。
3月12日，嘉兴市政府工作会议上公开否认当地死猪源于瘟疫，也否认了所有病猪来源于嘉兴，承认部分死猪或来自当地。
3月13日傍晚，浙江省嘉兴市发布消息称，经查，上海方面向嘉兴提供的14个耳标中，1个耳标涉及的养殖户承认随意抛弃死猪，目前已立案。
截至13日15时，共打捞死猪6601头，打捞量进一步下降。
3月15日下午，浙江嘉兴市政府公布了近一周内收集的死猪数目为3601头。但嘉兴船工称官方死猪数据作假，表示“这几天埋掉的死猪可能有几万头。”
3月20日，上海市已累计打捞死猪10395头，浙江省嘉兴市清理、打捞死猪5528头。所有打捞的病死猪都进行了深埋或焚烧等无害化处理。未发现病死猪进入流通消费环节。