2012年4月26日下午，“中国科学院－第二军医大学转化医学研究院”成立大会在第二军医大学隆重举行。这是中国科学院在院外设立的第一个生命科学领域实体性研究机构。解放军总后勤部副部长秦银河中将与中国科学院副院长张亚平为研究院揭牌，中科院上海生命科学研究院副院长李林与第二军医大学副校长李捷玮代表双方签署了合作协议。
新成立的转化医学研究院为中国科学院非法人研究单元，依托于中科院上海生科院和二军大，实行理事会领导下的院长负责制，理事会由中科院、总后以及合作双方等共同派代表组成。双方通过将研究实体建立到临床医院中，探索建立全新的转化医学研究机制和模式，促进基础研究与临床研究的紧密结合，从而实现真正意义上的临床重大“宏观”问题在实验室“具体”化（获得实验室的证实）、实验室重大“微观”科学问题在临床“宏观”化（获得临床上的验证）的临床-基础双向通道，进而实现研究院所和校院双赢、多赢，力争将共建的研究院建设成为具有重大国际影响、引领国内医学研究、促进生物医药产业发展的综合性转化医学研究机构。
据介绍，双方共建的转化医学研究院将聚焦中国人群发病率高、危害性大的疾病（恶性肿瘤、心血管疾病、移植免疫、消化泌尿系统和代谢性疾病等）的转化医学研究，为疾病的预防和治疗提供新策略和新方法，推动我国重大疾病防治进程；促进形成一支国际水平的转化医学领域学术带头人队伍，形成并储备一批转化医学研究的专门人才和研究团队；提升转化医学研究水平，为国家医疗卫生政策的制定、国家普惠健康体系的建立、人民健康水平的全面提高提供科技支撑。
陈晓亚表示，“力争在最短的时间里将该研究院建设成为具有重大国际影响、引领国内医学研究、促进生物医药产业发展的综合性转化医学研究机构”。
会上，张亚平代表中国科学院对中国科学院—第二军医大学转化医学研究院的成立表示热烈祝贺。他指出，近年来转化医学越来越多地得到了国内外学术界的高度重视。中国科学院—第二军医大学转化医学研究院基于第二军医大学及其附属医院出色的医学科学研究优势和丰富的临床资源与实力，整合上海生科院强大的生命科学基础研究体系和先进的平台，将研究实体建立到临床医院中，努力探索并建立转化医学研究全新的机制和模式，从而真正实现基础研究与临床研究的紧密结合。他强调，转化医学目前面临巨大的挑战，同时也面临着良好的机遇。希望研究院能充分依托上海生科院良好的基础研究实力和第二军医大学及其附属医院丰富的临床研究与资源优势，以临床需求为导向，在发展转化医学的过程中体现双方优势互补，实现研究院所和校院双赢，力争成为具有重大国际影响、引领国内医学研究、促进生物医药产业发展的综合性转化医学研究中心。
秦银河对双方的合作给予了高度评价。他指出，这既是军民融合的盛事，也是强强联合的喜事。双方联合组建转化医学研究院，对于进一步推进我国医学科技自主创新，构建完善军事医学科技创新体系，全面提升军队卫勤核心保障能力，服务支撑上海市“四个中心”发展战略，加快创建世界一流研究型军医大学，均具有重要的政治意义、军事意义、社会意义和战略意义。
上海生科院院长陈晓亚院士在致辞中回顾了转化医学研究院成立的过程。第二军医大学校长刘振全少将对双方的合作前景充满信心。
成立大会结束后，与会领导与专家参观了第二军医大学校史馆、长海医院和东方肝胆医院。
总后勤部卫生部、总后勤部司令部，上海市办公厅，中科院计财局、人教局、生物局、院农业项目办公室、生物医学处、工业生物技术处、上海分院、上海生科院有关领导、专家，以及第二军医大学师生近两千人出席大会。