1921年2月23日，国民政府中央卫生委员会在南京召开会议，通过了余云岫的“废止旧医以扫除医事卫生之障碍”提案。
1929年2月23日至26日，南京政府卫生部在汪精卫的授意下召开了第一届中央卫生委员会会议，与会者包括褚民谊、颜福庆、伍连德等当时的医界名流共14人。余云岫以中华民国医药学会上海分会会长的身份参加了会议。这次会议没有一位中医人士参加。
会议讨论了余云岫起草的《废止旧医以扫除医事卫生障碍案》。这一提案除了“一个‘医学外行’次长和一两个参事抱怀疑态度外，其余是满场一致通过”。随后，该提案写入2月25日的会议记录。2月26日，上海《新闻报》率先将此事公诸于众。3月2日，余云岫主编的《社会医报》出版中央卫生委员会特刊，公布“废止中医案”。
民国17年“废止旧医以扫除医事卫生之障碍案”余岩倡议，理由有四：
一、今旧医所用者，阴阳五行六气脏腑经脉，皆凭空结撰，全非合实，此宜废止，一也。
二、“其临床独持桡动脉，妄分一部分之血管为寸、关、尺三部，以支配脏腑，穿凿附会，自欺欺人。其源出于纬侯之学，与天文分野，同属无稽，此宜废止，二也。
三、”根本不明，诊断无法，举凡调查死因，堪定病类，预防疾疠，无一能胜其任，强种优生之道，更无闻焉。是其对民族民生之根本大计，完全不能为行政上之利用，此宜废止，三也。
四、“人类文化之演进，以在绝地天通为最大关键，考之历史，彰彰可按。所谓绝地天通者，抗德而崇人事，黜虚玄而尚实际也。（北伐后）方破除迷信，废毁偶像，以谋民众思想之科学化，而旧医乃日持巫祝纬之延以惑民众；政府方以清洁消毒训导社会，使人知微虫细菌为疾病之源，而旧医乃日持其冬伤于寒，春必病温，夏伤于暑， 秋心米比疟等说以教病象，阻遏科学化，此宜废止，四也。
故“旧医一日不除，民众思想一日不变，新医事业一日不上，卫生行政事业一日不能进展。为民族进化计，为民生改善计，不可不采取断然措施”
关于废除中医运动
废除中医是指试图将中医学的理论或实践彻底废除的努力。有时这些主张并不是要立法禁止中医师行医，而是试图通过在学校体制、国家医疗体制等领域驱除中医学的影响和作用来达到让中医逐渐流入民间甚至消亡，所以一些人又将这种诉求以较为缓和的“取消中医”、“限制中医”、“中医中药退出国家医疗体制”等名称来表述。其主要依据是他们认为中医学和现代医学相比较糟粕太多，缺乏科学依据，不是科学或甚至是伪科学。
20世纪上半叶
1879年，清末朴学大师俞樾发表《废医论》，明确地提出了废除中医的主张[参考资料] 俞樾. "废医论". 《春在堂全书·俞楼杂纂》（卷45）（M），清光绪十一年刊本，第1－13页。
1901年，日据台湾开始进行中医考试，其目的是为了废除中医。
1913年的9月11日，汪大燮做了国民政府的教育总长，次年决定废止中医，不用中药。
1920年代一些有海外游历经验的人士，如余云岫、鲁迅、孙中山、胡适、梁启超、严复、丁文江、陈独秀等倡导废除中医。其中鲁迅在《呐喊》自序中的“中医不过是一种有意的或无意的骗子”一句最为著名。
1925年中医界谋求将中医纳入学校体制，却因受医界抵制而流产。
1929年余云岫以委员身份出席中央卫生委员会会议，提出建议要求全面废止中医，并由第一届中央卫生委员会会议通过了《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》，因遭到全中国中医界强烈反对而未能付诸实施。上海中医药界人士为了庆祝此事，把每年3月17日定为“中国国医节”。
1933年在讨论《中医条例》（草案）时，行政院长汪精卫说“中医言阴阳五行，不懂解剖，在科学上实无根据；至国药全无分析，治病效能渺茫”，主张“凡属中医应一律不许开业，全国中药店也应限令歇业。以现在提倡国医，等于用刀剑去挡坦克车。”
1934年傅斯年（当时尚未任北京大学校长）在8月5日和8月26日、9月16日分别在《大公报》和《独立评论》发表文章，建议取消“所谓国医”。
20世纪下半叶
1950年5月，余云岫参加第一届中华人民共和国全国卫生工作会议，再度提出废止中医方案，遭到与会者一致反对。
1950年代，中华人民共和国卫生部副部长王斌提出，中医是封建医，应随封建社会的消灭而消灭。还开设了中医进修学校，让中医学习西医，学习解剖学。1953年这些做法受到毛泽东批评，副部长兼党组书记贺诚与副部长王斌被撤职。1954年，毛泽东说“今后最重要的是首先要西医学习中医，而不是中医学西医。”
1961年台湾的李敖发表过两篇关于废除中医的文章。
在中国大陆文化大革命期间，中国共产党政府对中医学给予了政策上扶植，中医得到很大的发展。在当时的情况下，几乎没有人试图反对中医。
1982年，第五届全国人民代表大会制定的《宪法》第21条规定，“发展现代医药和我国传统医药”
21世纪
从1998年开始，万维网上的名人方是民就开始在网上批判中医，在他管理的“新语丝”网站还专门为此辟有专栏，收录了数百篇文章。他的观点是“废医验药”，即废除基于阴阳五行、经脉气血的中医理论，将本来用于证实中医的经络、气血等理论的研究经费，转而用科学的方法检验中药的有效性和毒副作用。
2006年4月《医学与哲学》（人文社会医学版）第27卷第4期刊登了中南大学科学技术与社会发展研究所所长张功耀教授《告别中医中药》的论文。文中提出从文化进步、尊重科学、维护生物多样性、人道主义等角度看，应告别中医中药。
2006年自6月1日起，张功耀在其博客上发表系列文章建议废除中医，和住在美国纽约的王澄医师发起了“征集促使中医中药退出国家医疗体制签名公告”，得到上万人响应。张功耀博客公布的签名名单中多为医学工作者或是医学博士。他们认为中医还可以存在，但不应该被国家支持，也不应再试图将中医与现代医学结合。他们指出，中医理论本身并非科学，和以科学为准绳的现代医学格格不入。
2007年3月5日，中国国务院总理温家宝在十届全国人大五次会议上作政府工作报告时，明确提出：“大力扶持中医药和民族医药发展，充分发挥祖国传统医药在防病治病中的重要作用。”此后的2008至2011年，历次政府工作报告中均有“大力发展和扶持中医药和民族医药事业”句。
其他国家
日本的源自中医学的“汉医”在日本本来占据了医学的主流，但自从明治维新之后现代医学的引入，日本医学界广泛要求废除汉医。与此同时，日本对汉医药“废医存药”，基于对中药有效成分的提取、分离和鉴定开发了很多“汉药”（汉方薬）。
结果和影响
每次废除中医的运动，都有人强烈反对。双方争论焦点通常包括是否有科学方法和哲学思想等等。支持废除中医人士一般关注论证疗效方法的科学性及其理论的自恰性等技术层面，而反对废除中医的人士较多关注批判民族虚无主义、主张弘扬民族遗产等思想哲学层面。至今为止在中国及海外这两派的争论还在继续。